個人繳費及企業(yè)繳費中按一定比例劃入的部分，構成個人賬戶。員工參加基本醫(yī)療保險后，社會保險基金管理中心為每一位員工在北京市商業(yè)銀行建立一個專為基本醫(yī)療保險服務的活期存款專用賬戶，該賬戶資金用于員工支付醫(yī)療費用，并由社會保險基金管理中心按月?lián)芨?如發(fā)生企業(yè)欠費，欠費期間將不撥付)，使用方法同一般存折，但只能用于取錢。
個人賬戶資金(詳見下表)
| 員工年齡 | 單位繳納部分劃轉 | 個人繳納部分 | 合計 | 基數(shù) | |
| 在職職工 | 不滿35周歲 | 0.8% | 2% | 2.8% | 個人繳費基數(shù) |
| 35周歲至45周歲 | 1% | 2% | 3% | ||
| 45周歲以上 | 2% | 2% | 4% |
職工個人繳納的基本醫(yī)療保險費全部計入本人的個人帳戶，再從單位繳納的基本醫(yī)療保險費中拿出30%，按照職工不同年齡劃分檔次注入個人帳戶。具體比例為：
35周歲以下的按本人繳費工資基數(shù)的0.8%劃入;
35周歲至45周歲的按本人繳費工資基數(shù)的1%劃入;
45周歲至退休的按本人繳費工資基數(shù)的2%劃入;
70歲以上退休人員個人賬戶按每人每月110元劃入，70歲以下退休人員個人賬戶按每人每月100元劃入。
個人帳戶的資金為個人所有，每位職工將有一個醫(yī)療存折，個人帳戶的錢貯存在里面，可以用來看病，可以結轉使用和繼承，其存儲額每年參考銀行同期居民活期存款利率計息。
個人帳戶用于支付門、急診醫(yī)療費用;到定點藥店購藥費用;使用統(tǒng)籌基金時需由個人負擔的醫(yī)療費用。
基本醫(yī)療保險個人帳戶個人賬戶可以支付門、急診醫(yī)療費用;到定點藥店購藥的費用;基本醫(yī)療保險統(tǒng)籌基金起付標準金(含)以下的醫(yī)療費用，起付標準金以上最高支付限額以下按比例應由個人負擔的醫(yī)療費用;個人賬戶超支部分由本人自理。
基本醫(yī)療保險個人帳戶的資金存儲額按照當時銀行活期存款利率計息，但不需要繳納利息稅。
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