開發(fā)區(qū)、房地產(chǎn)行業(yè)以及鋼鐵電解鋁水泥等固定資產(chǎn)投資項目的過快發(fā)展發(fā)生了大量占用耕地的情況。鑒于此，2003年11月，國土資源部下發(fā)《關(guān)于進一步采取措施落實嚴格保護耕地制度的通知》(國土資發(fā)[ 2003]388號)，進一步嚴格實施土地利用規(guī)劃和計劃，從嚴控制用地規(guī)模。
我國有關(guān)耕地保護的文件與政策
文件的核心就是“三個不報批、 一個從嚴”，即凡是不在土地利用總體規(guī)劃確定的建設(shè)用地范圍內(nèi)的各類開發(fā)區(qū)(園區(qū))和城市建設(shè)用地，一律不報批;凡是沒有土地利用年度計劃指標的，一律不報批;凡是沒有通過建設(shè)項目用地預(yù)審的，一律不報批。從嚴審查城市總體規(guī)劃修編確定的建設(shè)用地總規(guī)模，超過土地利用總體規(guī)劃確定的建設(shè)用地總規(guī)模的，不予通過審查，嚴格控制規(guī)劃修改和調(diào)整，嚴禁擅自修改和調(diào)整規(guī)劃。
嚴格執(zhí)行基本農(nóng)田保護制度：一是不準除法律規(guī)定的國家重點建設(shè)項目之外的非農(nóng)建設(shè)占用基本農(nóng)田;二是不準以退耕還林為名，將平原(平壩)地區(qū)耕作條件良好的基本農(nóng)田納入退耕范圍，違反土地利用總體規(guī)劃隨意減少基本農(nóng)田面積;三是不準占用基本農(nóng)田進行植樹造林，發(fā)展林果業(yè);四是不準以農(nóng)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整為名，在基本農(nóng)田內(nèi)挖塘養(yǎng)魚和進行畜禽養(yǎng)殖，以及其他嚴重破壞耕作層的生產(chǎn)經(jīng)營活動;五是不準占用基本農(nóng)田進行綠色通道和綠化隔離帶建設(shè)。
同時，針對地方政府違規(guī)下放建設(shè)項目用地審批權(quán)，要求嚴把建設(shè)用地審批關(guān)，對新的非農(nóng)建設(shè)用地項目實行“六不報批”政策：即對土地市場秩序治理整頓工作驗收不合格的不報批;未按規(guī)定執(zhí)行建設(shè)用地備案制度的不報批;城市規(guī)模已經(jīng)達到或突破土地利用總體規(guī)劃確定的建設(shè)用地規(guī)模，年度建設(shè)用地指標已用完的不報批;已批準的城市建設(shè)用地仍有閑置的不報批;未按國家有關(guān)規(guī)定進行建設(shè)用地預(yù)審的不報批;建設(shè)項目不符合國家產(chǎn)業(yè)政策的不報批。
加強批后實施監(jiān)管，將各類開發(fā)區(qū)違反土地利用總體規(guī)劃用地的行為，作為治理整頓和執(zhí)法監(jiān)察的重點。對被撤銷停辦的開發(fā)區(qū)(園區(qū))，堅決依法收回并及時處置其所占用的土地;對應(yīng)該核減面積的開發(fā)區(qū)，要堅決核減面積; 對整改后確需要保留的開發(fā)區(qū)(園區(qū))用地，要嚴格審核，從嚴控制用地規(guī)模。 對開發(fā)區(qū)(園區(qū))違反土地利用總體規(guī)劃圈占、圈而未用的土地，要限期復(fù)耕或者恢復(fù)原用途;對已經(jīng)開發(fā)建設(shè)而不能復(fù)耕或恢復(fù)原用途的，從所在區(qū)域土地利用總體規(guī)劃剩余建設(shè)用地指標中核減違反土地利用總體規(guī)劃占用的建設(shè)用地指標。對開發(fā)區(qū)(園區(qū))已經(jīng)依法批準但由于建設(shè)條件、項目資金不落實等尚未開發(fā)建設(shè)的，要抓緊依法收回土地。
五部委聯(lián)合組成10個督查組，對全國31個省(區(qū)、市)土地市場秩序治理整頓工作進行全面督查。到2003年年底，土地市場秩序治理整頓取得重要成果： 各地停止審批設(shè)立新的開發(fā)區(qū)和開發(fā)區(qū)擴區(qū);查清原有各類開發(fā)區(qū)6 015個，已撤銷3 763個;各地發(fā)現(xiàn)土地違法行為17.8萬件，立案查處12.7萬件，結(jié)案12.4萬件，罰沒款12.2億元，收回土地面積5 878.4公頃。有925人被依法給予黨紀政紀處分，132人被依法追究刑事責任;排查出違規(guī)出讓經(jīng)營性土地使用權(quán)2 822宗， 有效規(guī)范了現(xiàn)有土地使用權(quán)出讓行為。
2004年3月30日，作為土地市場治理整頓的一個重要內(nèi)容，國土資源部和監(jiān)察部聯(lián)合下發(fā)了《關(guān)于繼續(xù)開展經(jīng)營性土地使用權(quán)招標、拍賣或者掛牌出讓隋況執(zhí)法監(jiān)察工作的通知》(國土資發(fā)[2004] 71號)，要求各地繼續(xù)做好經(jīng)營性土地使用權(quán)招標、拍賣或者掛牌出讓執(zhí)法監(jiān)察工作，全面推行并嚴格執(zhí)行經(jīng)營性土地招標、拍賣或者掛牌出讓制度，建立健全具體制度和操作規(guī)范，認真糾正和嚴肅查處土地出讓中違規(guī)操作的問題和違紀違法行為。在這個文件中，明確了2002年7月1日《招標拍賣掛牌出讓國有土地使用權(quán)規(guī)定》(國土資源部令第11號)實施后協(xié)議出讓土地中的歷史遺留問題必須在2004年8月31日之前處理完畢，否則土地管理部門有權(quán)收回土地。側(cè)重從監(jiān)督檢查和對違法案件的查處角度推進落實經(jīng)營性土地招標、拍賣或者掛牌出讓制度。
針對一些地方政府和部門規(guī)避法定的農(nóng)用地轉(zhuǎn)用和土地征收審批及繳納有關(guān)稅費，“以租代征”，即通過租用農(nóng)民集體土地進行非農(nóng)業(yè)建設(shè)，擅自擴大建設(shè)用地規(guī)模，不落實耕地占補平衡法定義務(wù)，干擾建設(shè)用地管理秩序的狀況。2005年8 月22日，國土資源部下發(fā)了《關(guān)于堅決制止“以租代征”違法違規(guī)用地行為的緊急通知》(國土資發(fā)[ 2005]166號)，要求用于農(nóng)林開發(fā)的農(nóng)民集體土地不得擅自改變土地用途，將農(nóng)用地轉(zhuǎn)為非農(nóng)業(yè)建設(shè)用地。
對于進行農(nóng)民集體建設(shè)用地流轉(zhuǎn)試點和征地制度改革試點只限定在試點地區(qū)。以轉(zhuǎn)讓、出租、作價人股等方式進行農(nóng)民集體建設(shè)用地流轉(zhuǎn)試點的，必須是已經(jīng)依法批準為建設(shè)用地的農(nóng)民集體所有土地;必須符合土地利用總體規(guī)劃及城市(村莊和集鎮(zhèn))規(guī)劃;必須按規(guī)定經(jīng)農(nóng)村集體經(jīng)濟組織和農(nóng)民的同意;必須按規(guī)定簽訂流轉(zhuǎn)合同，報縣級以上國土資源部門批準后，辦理土地變更登記手續(xù)。
